Địa danh Tham Đôn có nguồn gốc tiếng Khmer là Kompong Đôn (có nghĩa là "bến dừa" hoặc "vũng dừa"), sau được Việt hóa thành Tham Đôn cho dễ gọi, song không có nghĩa gì.[3]

Ngày 7 tháng 7 năm 1982, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định 111-HĐBT[4]. Theo đó, chia xã Tham Đôn thành hai xã lấy tên là xã Tham Đôn 1 và xã Tham Đôn 2.

Tuy nhiên, đến ngày 16 tháng 9 năm 1989, toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Tham Đôn 1 và Tham Đôn 2 được sáp nhập trở lại thành xã Tham Đôn như cũ.